Aguirre, der Zorn Gottes" markiert die erste Zusammenarbeit von Klaus Kinski und Werner Herzog. In den nächsten 15 Jahren folgten vier weitere Produktionen, darunter "Fitzcarraldo" (1982) und "Nosferatu: Phantom der Nacht" (1979). Sie bilden das sicher ungewöhnlichste kreative Paar der deutschen Filmgeschichte.
Die Dreharbeiten zu "Aguirre, der Zorn Gottes" in Peru werden von zahlreichen Legenden umrankt, wobei Herzogs Drohung, erst Kinski und dann sich selber zu erschießen, falls dieser, wie angekündigt, das Set verließe, die komplexe Beziehung zwischen Regisseur und Hauptdarsteller andeutet. Tatsächlich scheint Herzog einer der wenigen Regisseure zu sein, der Kinskis Temperament - so hat er in einem Wutanfall einem Komparsen die Fingerkuppe abgeschossen - kontrollieren konnte.
Seine expressive Darstellung der auf der historischen Figur Don Lope de Aguirre basierenden Führerfigur steht mit ihrem Größenwahn und Irrsinn für einen obsessiven Imperialismus und eine zerstörerische Manie, der nur die gewaltige Präsenz der Natur Einhalt gebieten kann. Die nahezu dokumentarisch wirkenden Bilder des Amazonasgebiets verleihen dem Film seine fast physische Unmittelbarkeit. Herzog wird später sagen, dass dieser Film viel stärker von seinen "Oberflächen" lebt als seine anderen Produktionen. Thomas Mauch fotografierte farbenprächtige Landschaftsaufnahmen mit einer von Herzog aus der Filmhochschule München gestohlenen 35 mm-Kamera und erhielt 1973 für "Aguirre, der Zorn Gottes" den Bundesfilmpreis. Die Dreharbeiten an den Originalschauplätzen und das kleine Team ermöglichten viel Freiheit und zwangen
Herzog gleichzeitig zur Improvisation. So wurde der plötzliche Anstieg des Amazonas, dem Flöße und weitere Requisiten zum Opfer fielen, in die Handlung eingebaut. Entstanden ist ein vielschichtiger Abenteuerfilm über Wahnsinn, okzidentale Eroberung und den Versuch, Unrealisierbares zu realisieren.