In Metroid Prime erhält Samus einen Notruf von einer Raumstation im Orbit von Tallon 4. Dort angekommen trifft sie auf ihren Erzfeind Ridley und die Weltraumpiraten. Nachdem Samus ihren Variasuit und andere Fähigkeiten verliert und der Selbstzerstörungsmechanismus der Station ausgelöst wird, verfolgt sie Ridley auf den Planeten.
Auf Tallon 4 angekommen erfährt sie, dass die Chozo den Planeten bereits einmal besucht hatten.
Aus deren alten Domkumenten entnimmt sie auch, dass vor langer Zeit ein komischer Meteor auf Tallon 4 eingeschlagen hatte.
Die Chozo haben 12 Artefakte über den Planeten verstreut versteckt, die den Zugang zum Einschlagskrater versiegeln.
Dort wird nämlich Metroid Prime gefangengehalten, eine schreckliche Kreatur, deren Herz aus reinem Phazon besteht.
Nach unzähligen Kämpfen mit diversen durch Phazon mutierten Gegnern und den Weltraumpiraten, die das Phazon erforschen und als Waffe verwenden wollen, erhält Samus ihre volle Ausrüstung zurück und sammelt alle Artefakte.
Sie begibt sich zum Siegel beim Einschlagskrater und trifft dort auf Meta-Ridley, eine Reinkarnation ihres Erzfeindes.
Nach einem erbitterten Kampf wagt sich die Kopfgeldjägerin in den Krater um dort Metroid Prime zu besiegen.
Sie gewinnt die finale Schlacht gegen dessen Herz, muss aber den frisch erworbenen Phazon-Suit opfern um der geballten Kraft des Phazon, das nach dem Kampf freigeworden ist, zu entgehen.
Das Phazon aus dem Herzen Metroid Primes nistet sich in den Anzug ein, wodurch Dark Samus entsteht.
In Metroid Prime Echoes wird Samus auf den Planeten Aether geschickt, da der Kontakt zu einer Einheit der Föderation auf dem Planeten nach einem Kampf mit Weltraumpiraten verloren gegangen ist.
Samus kommt auf dem Planeten an und lernt die Rasse der Luminoth kennen.
In deren Dokumenten erfährt sie, dass auch auf Aether ein Komet einschlug, der den Planeten in eine helle und eine dunkle Welt spaltete.
Seit diesem Einschlag wird der Planet vom Phazon überflutet und die Ing tauchten auf. Ein Krieg zwischen Ing und Luminoth brach aus, den die Ing beinahe gewonnen hätten, wenn nicht Samus gekommen wäre und den Luminoth geholfen hätte.
Samus verliert auch diesmal ihre Ausrüstung und zwar bei dem ersten Eintritt in die dunkle Welt.
Sie trifft auch auf eine neue Widersacherin, nämlich Dark Samus.
Diese muss Samus mehrmals besiegen, doch ihre Erzfeindin überlebt jeden Kampf.
Nach etlichen eiteren Kämpfen mit gigantischen Gegnern und einem neuen Waffen- und Ausrüstungsarsenal kommt es zum Kampf zwischen Samus und dem Herrscher der Ing. Sie besiegt ihn und wird kurz danach noch von Dark Samus angegriffen. Samus gewinnt auch noch diesen Kampf und denkt die Gefahr sei gebannt. Leider schafft es Dark Samus noch ein weiteres Mal sich wieder zu materialisieren....