Cave Story wird als Neuauflage für den Nintendo 3DS veröffentlicht. Dabei packen die Entwickler das 2D-Action-Spiel von Grundauf an und verleihen ihm einen neuen Look. Statt Retro orientiert, präsentiert sich das Remake in 3D-Grafik. "Der Unterschied zwischen Cave Story und Cave Story 3D wird es sein, dass die Umgebung in volles 3D übergehen wird, aber der ursprüngliche Stil eines 2D-Scrolling-Action-Spiels wird erhalten bleiben", sagte Daisuke "Pixel" Amaya, Designer von Cave Story. "In erster Linie basiert es auf dem ursprünglichen Spiel. In gewisser Weise ist es fast wie ein echtes von Grund auf neues 3D-Remake", ergänzte Producer und Music Director Tyrone Rodriguez. "Deshalb haben wir einige Dinge hinzugefügt, wie Daisuke und ich übergangen haben. Geheimnisse und Easter Eggs, die Fans des Originals glücklich machen." Außerdem wird es auf Aussage von Rodriguez auch neue Gebiete im Spiel geben.
Cave Story ist ein Download-Titel, der bereits 2004 als Indie-Spiel für den PC entwickelt wurde. Gemeinsam mit Nicalis setzte das ursprüngliche Studio Pixel das 2D-Action-Spiel 2010 für WiiWare und DSiWare um.