Die Illuminaten waren eine der zahlreichen Gesellschaften und Vereine, die kennzeichnend waren für einen die Herausbildung des modernen Phänomens der Öffentlichkeit während der Aufklärungszeit, wie sie Jürgen Habermas in seiner Studie Strukturwandel der Öffentlichkeit beschrieben hat. Während die vormoderne Ständegesellschaft sich entweder in der Kirche oder am Fürstenhof sozial reproduziert hatte, bestand nun in Lesegesellschaften, diversen Wohltätigkeitsvereinen (z.B. Hamburgs Patriotischer Gesellschaft), in Freimaurer- und Rosenkreuzerlogen oder eben in Geheimgesellschaften wie den Illuminaten die Möglichkeit, über die Standesgrenzen hinweg auf einem zumindest prinzipiell egalitären Niveau gesellig zusammenzukommen.
Im Unterschied zu den anderen Formen dieser neuen Geselligkeit aber hatten die Illuminaten ein explizit politisches Programm, wohingegen bei Freimaurern etwa konfessionelle, religiöse oder parteipolitische Streitgespräche bis heute unerwünscht sind. Auch bekennen sich Freimaurer zu ihrer Zugehörigkeit und sind deshalb, anders als die Illuminaten keine Geheimgesellschaft im eigentlichen Sinn. Die Illuminaten übernahmen zwar freimaurerische Strukturen wie die Loge und ein Gradsystem, doch gehörten sie der Freimaurerei nicht an. In den landesweiten Organisationen der Freimaurer, den Großlogen oder Groß-Orienten, arbeiteten sie nicht mit.
Um die Freimaurerei besser unterwandern zu können, gab Knigge bei seiner Ordensreform den Illuminaten eine an die Freimaurerei angelehnte Struktur mit phantasievoll betitelten Graden, von denen jeder ein eigenes Initiationsritual und eigene „Geheimnisse“ hatte, die dem Initianden offenbart wurden: Eine „Pflanzschule“, die Unerfahrene in das Logen- und Geheimbundwesen einführen sollte, bestand aus den Graden Novize, Minerval (abgeleitet von der römischen Göttin der Weisheit) und Illuminatus minor (lat. für geringerer Erleuchteter). Die an die Freimaurerei angelehnte „Maurerklasse“ enthielt die Grade Lehrling, Geselle, Meister, Illuminatus maior (lat. für älterer Erleuchteter)und Illuminatus regens (lat. für regierender Erleuchteter). Den Orden krönen sollte die „Mysterienklasse“, die aus den Graden Priester, Regent, Magus (lat. für Zauberer) und Rex (lat. für König) bestand. Die Vorschriften und Riten für diese Klasse wurden jedoch in der kurzen Zeit, die der Orden bestand, nicht ausgearbeitet.
Ebenfalls als werbewirksame Mystifikation erhielt jedes Ordensmitglied bei seiner Initiation einen Geheimnamen („nom de guerre“), der stets nicht-christlicher oder zumindest nicht-orthodoxer Herkunft war: Weishaupt selbst nannte sich bezeichnenderweise nach dem Anführer des antiken Sklavenaufstands Spartacus, Knigge war Philo, ein jüdischer Philosoph, und Goethe erhielt den Namen Abaris nach einem skythischen Magier. Auch in der Geographie gab es Geheimnamen (München hieß z.B. Athen, Tirol wurde zur Peloponnes, Frankfurt war Edessa und Ingolstadt Eleusis); ja selbst das Datum wurde nach einem neuen Geheimkalender mit persischen Monatsnamen angegeben, dessen Jahreszählung mit dem Jahr 632 begann.
Die Ordensnamen trugen zur Gleichheit unter den Illuminaten bei: Da sie sich in den ersten beiden Graden nur mit Ordensnamen kannten, konnten sie voneinander nicht wissen, wer nun adlig, wer bürgerlich, wer ein Universitätsprofessor, wer nur Schankwirt oder Student war. Darüber hinaus waren sie ein Teil des rigiden Bildungsprogramms, das der Orden seinen Mitgliedern auferlegte. Jeder Illuminat hatte sich nicht nur mit seinem Namenspatron geistig auseinanderzusetzen, er bekam auch von seinen Ordensvorgesetzten ein monatliches Lesequantum, in dem aufklärerische und deistische Werke mit aufsteigenden Graden eine immer größere Rolle spielten. Seine intellektuelle und sittliche Entwicklung hatte er obendrein tagebuchartig in so genannten Quibuslicet-Heften zu protokollieren (von lat.: quibus licet – wem es erlaubt ist [ergänze: dies zu lesen]). Wurden sie schlecht geführt oder enthielten sie nicht die vorgesehenen Fortschritte, antwortete der Ordensobere mit einem „Reprochen-Zettel“ (franz. reproche – Tadel).
Bei aller Gleichheit innerhalb der Grade war die Hierarchie zwischen verschiedenen Graden im Orden also sehr ausgeprägt. Dies zeigte sich schon an dem Eid, in dem jeder Initiand
„ewiges Stillschweigen in unverbrüchlicher Treue und Gehorsam allen Oberen und den Satzungen des Ordens“.
zu geloben hatte. Zur strengen Hierarchie kam noch verschärfend die esoterische Struktur des Ordens hinzu, das heißt, dass Neumitglieder über dessen wahre Ziele bewusst getäuscht wurden. In der „Pflanzschule“ wurde den Novizen noch bedeutet, es sei keineswegs das Ziel des Ordens
„die weltlichen oder geistlichen Regierungen zu untergraben, sich der Herrschaft der Welt zu bemächtigen und so weiter. Haben sie sich unsere Gesellschaft unter diesem Gesichtspunkt vorgestellt, oder sind sie in dieser Erwartung hineingetreten, so haben sie sich gewaltig betrogen.“
Das war glatt gelogen. Im obersten Grad des Ordens sollte nämlich das „größte aller Geheimnisse“ offenbart werden
„das so viel sehnlich gewünscht, so oft fruchtlos gesucht haben, [die] Kunst, Menschen zu regieren, zum Guten zu leiten [...] und dann alles anszuführen, was den Menschen bishero Traum und nur den Aufgeklärtesten möglich schien“. (zit. nach Koselleck, Kritik und Krise)
Das tiefste Arkanum der Illuminaten war also ihr eigenes moralisches Herrschaftssystem, das innerhalb des Ordens bereits praktiziert wurde, nun aber auch nach außen angewandt werden sollte.
Diese Täuschung und Gängelung der Mitglieder in den unteren Graden erregten schon bald auch innerhalb des Ordens Kritik. Sie waren Weishaupts Ziel geschuldet, das Individuum durch Anregung zur Selbsterziehung und durch verborgene Leitung zu perfektionieren. Voraussetzung dieser Verbesserung des einzelnen Menschen schien ihm die totale Kenntnis über alle seine Geheimnisse zu sein. Dies scheint er von seinen schärfsten Gegnern übernommen zu haben, nämlich den Jesuiten, mit ihrem Kadavergehorsam und ihrer behutsamen, aber umso wirkungsvolleren Menschenführung durch die Beichte. Überhaupt blieb der Orden, wie Illuminatenforscher Agethen feststellte, seinen Gegnern in einer dialektischen Verschränkung verbunden: Um das Individuum von der geistigen und geistlichen Herrschaft der Kirche zu emanzipieren, wurden jesuitische Methoden der Gewissenserforschung angewandt; um den Siegeszug der Aufklärung und der Vernunft zu befördern, gab man ein Hochgradsystem und ein mystisches Brimborium, das an den schwärmerischen Irrationalismus der Rosenkreuzer gemahnte; und um die Menschheit schließlich aus dem Despotismus der Fürsten und Könige zu befreien, unterwarf man die Mitglieder einer nachgerade totalitären Kontrolle und Psychotechnik.