Wir befinden uns auf Terious, einem Kontinent mit vielen verschiedenen Königreichen. Die Geschichte beginnt mit Ike, einem jungen Krieger gekleidet in Blau mit gleichfarbenem Haar, der sich mit einer Söldnergruppe im Grenzgebiet der Königreiche aufhält. Eines Tages rettet Ike ein Mädchen, welches von Dain-Schergen verfolgt wurde. Es stellt sich heraus, dass es sich dabei um die Prinzessin des Königreichs Cremia handelt. Sie war unterwegs zum verbündeten Königreich Garia, um da um Hilfe gegen die Invasion der Dain Horden zu ersuchen.
Die Prinzessin heuert Ike's Söldnertruppe an, sie sicher nach Garia zu eskortieren, einem Land, bevölkert von einer Biest-ähnlichen Rasse. Das Gesuch nach Hilfe wird natürlich erhört und so machen sich die Krieger Galias auf, dem Königreich Cremia in einem Krieg beizustehen, welcher schon bald den ganzen Kontinent überziehen sollte...
Neben Ike, der trainiert, um sich eines Tages der Söldnertruppe seines Vaters Grail anschließenzu können, wird auch seine jüngere Schwester Mist einen Auftritt haben, welcher aber ausgehend von ihrem Outfit wohl eher weniger mit Kampfhandlungen zu tun haben wird. Mist trägt immer ein Medallion ihrer verstorbenen Mutter, welche wohl später im Spielverlauf noch eine posthumane Rolle spielen wird.
Grail, der Vater von Ike und Mist, ist der kompromisslose, aber faire Anführer einer Söldnertruppe, auf deren Ergebenheit er sich bedingungslos verlassen kann. Unterstützt wird er in dieser Rolle von Tiamat, einer Kriegerin ganz in Rot, welche nicht nur seine Rechte Hand in der Truppe ist, sondern sich auch um die beiden Kinder Grails wie eine Mutter oder grosse Schwester kümmert. Es scheint früher eine Beziehung zwischen Grail und Tiamat gegeben zu haben, welche über den Schwertkampf Seite an Seite hinauszugenen scheint. sich wohl im Verlaufe des Spiels enthüllen wird. Als letzter Charakter bleibt noch Senerio, ein Söldner Lehrling ganz in Schwarz gekleidet, welcher mehr mit magischen Belangen denn mit der Kampfkunst vertraut scheint.