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In diesem Fall hatte Neo aber keine andere Wahl, er musste sich von Smith überschreiben lassen, da Smith nur so gelöscht werden konnte (Neo war ja an diesem Computer angeschlossen). Neo und Smith waren identisch und der Computer konnte Smith löschen (und leider gleichzeitig auch Neo).
Neo ist gestorben - ganz klar, er hat sich für die Menschheit geopfert. Das Ende war so gedacht, dass Neo praktisch ein Heiland wie Jesus darstellen sollte. Daher sein Leuchten im Moment des Todes, sowie die Arme, die wie bei einer Kreuzigung ausgestreckt sind.
Dies sollte wieder einen mythologischen Bezug darstellen.